Comptabilité auto-entrepreneur : guide complet

Pourquoi la comptabilité auto-entrepreneur est-elle simplifiée ?

Commençons par une excellente nouvelle : en tant qu’auto-entrepreneur (ou micro-entrepreneur), vous bénéficiez d’un régime comptable privilégié. Pourquoi ? Parce que vous relevez du régime micro-social et micro-fiscal, spécialement conçu pour simplifier la vie des petits entrepreneurs.

Concrètement, qu’est-ce que cela signifie pour vous ? 

Contrairement aux entreprises classiques, pour une micro-entreprise, vous n’avez pas à établir de bilan comptable annuel, ni de compte de résultat, ni même de liasse fiscale. Là où d’autres statuts imposent des dizaines d’heures de travail comptable chaque mois, votre gestion administrative se limite à des formalités essentielles.

Autre avantage majeur : vous bénéficiez de la franchise en base de TVA tant que vous respectez certains plafonds. Pas de TVA à collecter, pas de déclarations mensuelles à remplir, un vrai soulagement pour démarrer votre activité !

En contrepartie, vous ne pouvez pas déduire vos charges réelles. À la place, vous bénéficiez d’un abattement forfaitaire appliqué automatiquement sur votre chiffre d’affaires :

• 71 % pour la vente de marchandises.
• 50 % pour les prestations commerciales et artisanales.
• 34 % pour les professions libérales. 

Ce système est pensé pour être le plus simple possible, même si cela peut être moins avantageux pour certaines activités très gourmandes en frais.

Les 5 obligations comptables incontournables

Si la comptabilité auto-entrepreneur est simplifiée, elle n’est pas inexistante ! Voici les cinq piliers de votre gestion comptable à maîtriser absolument.

1) Le livre des recettes (obligatoire pour tous)

C’est l’obligation numéro un, celle qui concerne absolument tous les auto-entrepreneurs sans exception. Le livre des recettes est un document comptable obligatoire qui doit retracer chronologiquement vos recettes.

Pensez-y comme au journal de bord de votre activité. À chaque encaissement, vous devez noter six informations précises :

• La date de l’encaissement
• Le montant perçu
• L’identité du client (nom ou raison sociale)
• La nature de la prestation ou vente
• Le mode de règlement (virement, chèque, espèces, carte bancaire…)
• Le numéro de la facture correspondante

Voici un exemple concret : si vous êtes graphiste et que vous facturez 800 € à l’entreprise Martin & Co le 15 mars 2026 pour la création d’un logo, payé par virement, vous notez tous ces éléments dans votre livre des recettes.

2) Le registre des achats (selon activité)

Contrairement au livre des recettes, le registre des achats n’est pas obligatoire pour tous. Il ne concerne que ceux qui exercent une activité de vente de marchandises, de fournitures, de denrées alimentaires ou de prestations d’hébergement.

Vous tenez une boutique en ligne ? Vous vendez des créations artisanales ? Vous louez des chambres d’hôtes ? Dans ce cas, vous devez tenir ce registre qui récapitule chronologiquement tous vos achats professionnels avec la date, le fournisseur, la nature et le montant de l’achat.

Pour les autres activités (consultants, graphistes, coachs, développeurs…), ce registre reste facultatif, mais il peut s’avérer très utile pour suivre vos dépenses et optimiser votre gestion.

 3) La déclaration de chiffre d’affaires

Voici une obligation à ne jamais oublier : tous les auto-entrepreneurs doivent déclarer leur chiffre d’affaires auprès de l’Urssaf, chaque mois ou chaque trimestre selon l’option choisie à la création de votre activité.

Cette déclaration permet de calculer vos cotisations sociales. Elle se fait très simplement en ligne sur le portail auto-entrepreneur de l’Urssaf. Et voici un point capital : même si votre chiffre d’affaires est égal à zéro, vous devez effectuer cette déclaration. Beaucoup d’auto-entrepreneurs l’ignorent et se retrouvent pénalisés !

En cas d’oubli, une pénalité de 60,1 € s’applique sur chaque déclaration manquante.

Petit conseil pour bien démarrer : vous devez déclarer votre premier chiffre d’affaires dans un délai minimum de 90 jours entre la date de début d’activité et la première déclaration. Pas de stress donc si vous venez de créer votre activité.

4) La facturation conforme

La facture, c’est bien plus qu’un simple document : c’est votre protection juridique et la preuve de votre professionnalisme. Chaque facture doit comporter un certain nombre de mentions obligatoires :

Catégorie	Mentions obligatoires
Identification	Votre nom/raison sociale, adresse, numéro SIREN, coordonnées du client
Document	Le mot « Facture », numéro unique et date d’émission, date de livraison/exécution
Détails	Description détaillée de la prestation, quantité, prix unitaire HT et TTC
TVA	Mention « TVA non applicable, art. 293 B du CGI » si vous êtes en franchise de base
Paiement	Mode et délais de paiement, pénalités de retard, escompte éventuel

Point crucial sur la TVA : tant que vous ne dépassez pas les seuils de franchise (85 000 € pour la vente et 37 500 € pour les services en 2026), vous n’avez pas à facturer la TVA. Mais vous devez absolument mentionner sur chaque facture : « TVA non applicable, art. 293 B du CGI ».

Les sanctions en cas de facturation non conforme peuvent être lourdes : jusqu’à 75 000 € d’amende (150 000 € en cas de récidive). Autant dire que la rigueur est de mise.

5) Le compte bancaire dédié

Dernière obligation, mais non des moindres : vous devez ouvrir un compte bancaire dédié à votre activité professionnelle dès lors que votre chiffre d’affaires dépasse 10 000 € pendant deux années consécutives.

Précision importante : il ne s’agit pas nécessairement d’un compte professionnel (souvent plus coûteux), mais simplement d’un compte séparé de votre compte personnel. Cette distinction compte ! Un compte dédié suffit et vous coûtera moins cher qu’un compte pro classique.

Les entreprises individuelles ont l’obligation de mettre la mention « entrepreneur individuel » ou « EI » sur ce compte bancaire, sous peine d’une amende de 750 €.

Même si vous n’avez pas encore atteint ce seuil, séparer vos finances personnelles et professionnelles dès le départ est une excellente habitude. Cela simplifie énormément votre gestion, vos déclarations et votre suivi de trésorerie.

Conservation des documents : les règles à connaître

Parlons d’un aspect souvent négligé mais absolument crucial : la conservation de vos documents comptables.

Vous devez conserver l’ensemble des factures et pièces justificatives des achats, ventes et prestations de services réalisés pendant 10 ans. Oui, vous avez bien lu : dix années complètes !

Pourquoi une durée aussi longue ? Bien que l’administration fiscale ne remonte généralement que 3 exercices en arrière lors d’un contrôle standard, elle peut aller jusqu’à 10 ans en cas de soupçon de fraude. Mieux vaut donc tout conserver soigneusement.

Les documents concernés incluent :

• Toutes vos factures émises et reçues
• Vos relevés bancaires
• Vos justificatifs d’achats
• Votre livre des recettes et registre des achats
• Tous les documents prouvant vos encaissements

Bonne nouvelle : vous n’êtes pas obligé de tout garder au format papier. La numérisation est parfaitement acceptée, à condition d’utiliser des logiciels certifiés qui garantissent l’intégrité et la pérennité de vos documents. De plus en plus d’auto-entrepreneurs optent pour cette solution qui fait gagner un temps précieux et de l’espace de rangement.

Gérer sa comptabilité auto-entrepreneur au quotidien

Faut-il un expert-comptable ?

C’est la question que se posent tous les futurs auto-entrepreneurs : dois-je faire appel à un comptable ?

La réponse est simple : l’auto-entrepreneur n’est pas obligé de prendre un expert-comptable. La microentreprise est justement un régime fiscal simplifié, conçu pour vous permettre de gérer votre comptabilité en toute autonomie.

Et c’est une très bonne nouvelle pour votre porte-monnaie ! Les honoraires d’un expert-comptable peuvent représenter plusieurs centaines d’euros par mois, ce qui peut peser lourd quand on démarre. Gérer sa comptabilité soi-même permet non seulement d’économiser de l’argent, mais aussi de garder un contrôle total sur ses finances.

Cela dit, faire appel ponctuellement à un comptable peut s’avérer judicieux dans certaines situations :

• Au démarrage, pour vous assurer de bien partir sur de bonnes bases
• Si vous approchez des plafonds et envisagez de changer de statut
• Pour optimiser votre fiscalité et votre stratégie de développement
• Si vous vous sentez perdu face à une situation particulière

L’idéal ? Être autonome au quotidien, mais ne pas hésiter à solliciter un expert-comptable pour des conseils ponctuels stratégiques.

Les outils pour simplifier sa comptabilité

Si un comptable n’est pas obligatoire, s’équiper des bons outils peut vraiment changer votre vie d’entrepreneur !

Un logiciel de comptabilité en ligne présente de nombreux avantages :

• Automatisation de la tenue de votre livre des recettes
• Génération automatique de factures conformes
• Rappels pour vos déclarations de chiffre d’affaires
• Suivi en temps réel de votre trésorerie
• Conservation sécurisée de tous vos documents

Point de vigilance : assurez-vous que l’outil choisi respecte la norme FEC (Fichier des Écritures Comptables) et qu’il sera compatible avec la facturation électronique obligatoire dès 2026.

Certains auto-entrepreneurs préfèrent encore la comptabilité papier, et c’est parfaitement légal. Mais soyons honnêtes : avec les obligations qui se renforcent (facturation électronique, e-reporting…), passer au numérique devient quasi indispensable pour rester serein.

Conseils pratiques pour une gestion efficace

Tenez votre comptabilité au jour le jour. 📝

Ne laissez jamais s’accumuler vos factures et justificatifs. Consacrez 30 minutes chaque semaine à mettre à jour votre livre des recettes. C’est infiniment plus simple que de tout faire d’un coup à la fin du mois !

Séparez rigoureusement finances personnelles et professionnelles. ⛔

Même si vous n’êtes pas encore obligé d’avoir un compte dédié, cette habitude vous évitera bien des maux de tête. Plus besoin de vous demander : « Mais ce virement, c’était pour quoi déjà ? »

Surveillez vos plafonds de près. 🔎

Suivez régulièrement votre chiffre d’affaires pour anticiper un éventuel dépassement. Mieux vaut prévoir que subir un changement de régime fiscal qui vous prendrait au dépourvu.

Programmez vos échéances. 📅

Créez des rappels automatiques pour vos déclarations de chiffre d’affaires. 

Anticipez votre trésorerie. 🪙

N’oubliez pas que vos cotisations sociales sont calculées sur votre CA. Si vous encaissez 1 000 €, ce n’est pas 1 000 € qui restent dans votre poche ! Prévoyez une marge pour vos charges.

Les plafonds et seuils 2026 à connaître

Bonne nouvelle pour 2026 : les plafonds restent stables. Aucune surprise désagréable à l’horizon !

Voici les chiffres à retenir :

Plafonds de chiffre d’affaires :

• 188 700 € pour les activités de vente de marchandises
• 77 700 € pour les prestations de services et les professions libérales
• 15 000 € pour les locations de meublé de tourisme non classé

Seuils de franchise en base de TVA :

• 85 000 € pour les activités commerciales et d’hébergement (avec un seuil majoré à 93 500 €)
• 37 500 € pour les prestations de services (avec un seuil majoré à 41 250 €)

Que se passe-t-il en cas de dépassement ?

Si vous dépassez les plafonds de CA une seule année, pas de panique ! Vous pouvez conserver le régime auto-entrepreneur. En revanche, si vous dépassez les seuils durant deux années civiles consécutives, vous sortez automatiquement du régime au 1er janvier de l’année suivante.

Ce n’est pas une catastrophe, mais plutôt le signe que votre activité se développe bien ! Vous basculerez alors vers le régime réel d’imposition de l’entreprise individuelle, avec des obligations comptables plus conséquentes certes, mais aussi la possibilité de déduire vos charges réelles.

TVA et auto-entrepreneur : cas particuliers

La TVA reste l’un des sujets les plus sensibles pour les auto-entrepreneurs. Comprenons ensemble comment ça fonctionne.

La franchise en base de TVA est un régime avantageux qui vous permet de ne pas facturer la TVA tant que vous restez sous certains seuils. Concrètement, vos prix sont plus compétitifs puisque vous ne majorez pas vos tarifs de 20 % !

Quand devient-on redevable de la TVA ?

Vous basculez dans le régime de TVA dès que vous dépassez les seuils de franchise (85 000 € ou 37 500 € selon votre activité). La facturation de la TVA devient obligatoire dès le 1er jour du mois de dépassement.

Attention : vous devez alors rééditer toutes les factures émises dans le mois du dépassement pour y inclure la TVA. C’est un peu fastidieux, mais c’est la règle !

Une fois assujetti à la TVA, votre gestion se complexifie :

• Vous facturez la TVA à vos clients (20 % en général)
• Vous récupérez la TVA sur vos achats professionnels
• Vous déclarez et reversez à l’État la différence entre TVA collectée et TVA déductible
• Vous obtenez un numéro de TVA intracommunautaire

C’est pourquoi beaucoup d’auto-entrepreneurs surveillent leurs seuils comme le lait sur le feu ! Certains préfèrent même ralentir leur activité en fin d’année plutôt que de basculer dans ce régime plus complexe.

👉 Vous êtes micro-entrepreneur ou envisagez de créer votre micro-entreprise ? Découvrez également nos conseils pour faire un business plan ainsi que notre guide pour faire un prêt pour la création d’une entreprise.

Les erreurs comptables à éviter

❌ Utiliser Excel pour le livre de recettes

C’est l’erreur numéro un ! Même si votre tableau est parfaitement tenu, Excel n’est pas reconnu par l’administration car il peut être modifié a posteriori. Optez pour un logiciel certifié ou un registre papier.

❌ Oublier de déclarer un CA nul

Même si vous n’avez rien encaissé ce mois-ci, la déclaration reste obligatoire. Un simple clic sur le portail Urssaf, et vous évitez une pénalité de 60 €.

❌ Mélanger comptes personnel et professionnel

C’est le meilleur moyen de perdre du temps, de faire des erreurs dans vos déclarations et de vous compliquer la vie en cas de contrôle. Séparez dès le premier jour !

❌ Ne pas conserver les justificatifs

« Je retrouverai bien cette facture si besoin… » Vraiment ? Dans 5 ans ? Prenez l’habitude de tout archiver méthodiquement le plus tôt possible. 

❌ Négliger les mentions obligatoires sur les factures

Une facture incomplète n’a aucune valeur légale. Prenez le temps de vérifier que toutes les mentions y figurent, en particulier la fameuse phrase sur la TVA si vous êtes en franchise de base.

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